Das Herz eines jeden Museums ist seine Sammlung. Seit 1986 wird im Historischen Museum Aurich gesammelt. Bestehende Sammlungen wurden integriert:

- das Bildarchiv der Stadt Aurich (Sammlung Coord Thomsen)
- die Sammlung Volkskunde der Ostfriesischen Landschaft (Sammlung Ingrid Buck)
- die Sammlung der ostpreußischen Landsmannschaft (Sammlung Anneliese Friedrichs)
- die Sammlung der schlesischen Landsmannschaft (Sammlung Anneliese Kern)
- die Herbarien Kurt Johannsen und Dr. Heinrich Buurman
- die postgeschichtliche Sammlung Ogenbargen (Sammlung Christian Gossel)
- die Spitzensammlung (Sammlung Jeanne Buck, geb. de la Harpe)

Sonderausstellungen dienten der Objektrecherche und erschlossen Exponate, die zum Teil in die dauernde Ausstellung eingefügt wurden. Sie kamen als Leihgabe, Schenkung und Ankauf ins Haus. Dabei wurden viele Freunde und Förderer unterstützend tätig. Bis heute wurden etwa 13.000 Objekte gesammelt, davon sind etwa 1.500 dauernd ausgestellt.

Anders als in anderen Residenzstädten konnte in Aurich auf keine fürstliche Sammlung zurückgegriffen werden. Denn nach der Übernahme Ostfrieslands durch Preußen wurde das Schlossinventar verkauft. Der Schwerpunkt „Residenz“ ist ein maßgebliches Sammlungsziel: Entliehen, angekauft und restauriert werden hochwertige authentische Gegenstände, die das Auricher Grafen- und Fürstenhaus und seine Epoche repräsentieren.

Der Sammlungsschwerpunkt „Geestkultur“ entspricht der örtlichen Lage und Einbindung. Er umfasst regional authentische Objekte aus Archäologie, Geografie, Botanik sowie der ostfriesischen Volkskunde. Archäologische Funde, Befunde und Repliken dokumentieren die Geest als ältesten Siedlungsraum mit bäuerlicher Lebensweise. Von der Steinzeit bis in das Mittelalter stellen die archäologischen Artefakte die vorwiegenden Exponate dar.
Die Sammlungsgruppe „Geografie“ beinhaltet Modelle, Grafiken und andere Bildwerke, die der „Botanik“ ostfriesische Herbarien.

Der ostfriesischen Volkskunde zugeordnete Sammlungsgruppen beinhalten handwerkliche Geräte und Erzeugnisse, Hausrat, Tischkultur und andere Utensilien zur Brauchtumspflege sowie regionale Kleidung und Schmuck.

Mit dem dritten Sammlungsschwerpunkt „Stadt“ wird der Zentralität Aurichs entsprochen. Er umfasst stadtgeschichtlich bedeutsame Objekte und ordnet sie in die Sammlungsgruppen stadtarchäologische Funde und Befunde, Stadtbild in Kunst, Fotografie und Postkarte, Persönlichkeiten, Obrigkeit, Wirtschaft und Politik, Militär, Wohnkultur, Haushalt und bürgerlicher Reichtum, kulturelles und religiöses Leben.

Der vierte Sammlungsschwerpunkt „Alltag“ umfasst allgemein historische und volkskundliche Objekte. Die Sammlungsgruppen sind untergliedert in Männer-, Frauen- und Kinderleben, Weihnachten sowie die 50er-Jahre.
Das Sammlungskonzept wurde in Abstimmung und Zusammenarbeit mit dem Museumsverbund Ostfriesland entwickelt. Zielgerichtet sammelt das Historische Museum Aurich heute:

- Nachlass der Fürstenfamilie Cirksena
- Silber aus der Fürstenzeit und aus Auricher Werkstätten
- Archäologische Funde der Auricher Geest und der Stadt Aurich
- Herbarien mit ostfriesischen Wild- und Heilpflanzen
- Bildwerke und Fotografien mit Motiven der Auricher Geest und der Stadt Aurich
- Auricher Postkarten
- Zentralität, Obrigkeit und Auricher Beamtenschaft
- Handwerk und Auricher Firmengeschichte
- Auricher Vereinsleben
- Militär, Garnison und das Auricher Bataillon im Infanterie-Regiment 78
- Jüdisches Leben
- Textilien und Kleidung
- Persönlichkeiten
- Biedermeierliche Wohn- und Erinnerungskultur
- Not und Folgen des Ersten und Zweiten Weltkriegs
- Frauenleben und Frauenkultur
- Kindheit und Spielzeug
- Weihnachten und Brauchtum
- 50er-Jahre
Wird ein Objekt in die Sammlung aufgenommen, so erfolgt neben der Zuordnung zur Sammlungsgruppe die Dokumentation seiner Geschichte.

Ausgangsdaten werden ermittelt:
Was wurde wann, wo, von wem hergestellt und wer hat es benutzt? Je nach Objekt werden weitere Informationen und Zuordnungen erfragt und festgehalten:
Herkunft

- Stammt es aus Aurich oder aus Ostfriesland?
- Verknüpft es Aurich mit anderen Orten?
- Ist es von überregional historischer Bedeutung?
Sozialgeschichte

- Repräsentiert es eine gesellschaftliche Gruppe oder einen Berufstand?
- Gehört es zur Lebenswelt der Bürger, des Militärs, der Männer, Frauen oder Kinder?
- Stammt es aus dem ländlichen Umfeld?
- Vermittelt es Reichtum oder steht es für Notzeiten und Armut?
- Kennzeichnet es sozialen Wandel, Integration oder Migration?
Museumsgeschichte

- Stammt es aus der „Alten Kanzlei“?
- In welcher Weise ist es mit der Geschichte des Museums verbunden?
Biografie

- Was erzählt der Besitzer über das Objekt?
- Gibt es eine persönliche Geschichte?
Forschungsrelevanz

- Vermittelt es einen Anreiz, dem Leitbild gemäße Fragen zu stellen und zu beantworten?
- Dient es dazu, neue Erkenntnisse zu erschließen?